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Structural and Evolutionary Genomics

Code:

BINF017

Sigla:

GEE

Áreas Científicas
Classificação	Área Científica
OFICIAL	Biotecnologia

Ocorrência: 2019/2020 - 1S

Ativa?	Yes
Unidade Responsável:	Biotecnologia
Curso/CE Responsável:	Undergraduate in Bioinformatics

Ciclos de Estudo/Cursos

Sigla	Nº de Estudantes	Plano de Estudos	Anos Curriculares	Créditos UCN	Créditos ECTS	Horas de Contacto	Horas Totais
BINF	13	Study Plan	2	-	5	67,5	135

Língua de trabalho

Portuguese

Objetivos

This curricular unit is designed primarily to provide students with an integrated view of the structure and function of genomes, taking into account their methods of sequencing, annotation and analysis. In addition, at the end of the semester it is expected that students know the latest methods of genetic analysis at the RNA level and protein expression, in addition to understand the functioning of cells in an integrated and comprehensive manner.

Resultados de aprendizagem e competências

não aplicável

Modo de trabalho

Presencial

Programa

• Organizational structure of a genome; Methods genome sequencing, genome analysis and annotation.


• Primary structure of genomes, mechanisms of evolution of genomes and molecular phylogeny.


• Comparative Genomics. Definition of orthologs and paralogs Genes.


• Analysis of the genome-wide gene expression, proteomics and transcriptomics of expression. Experimental methods to study the regulation of gene expression.


• Functional Genomics. Chemogenomics, metabolomics, RNómica, metagenomics and other omics.


• Applications of bioinformatics in genomics. Algorithms for sequence alignment: single and multiple alignments; search algorithms of reasons: representation of reasons and research systems available on the web


• Introduction to Systems Biology.

Bibliografia Obrigatória

Hartl, D. and Bruce Cochrane; Analysis of Genes and Genomes, 2017
Griffiths AJF, Wessler SR et al.; An Introduction to Genetic Analysis, W. H. Freeman, 2015. ISBN: ISBN: 978-1-4641-0948
Ji Xiong; Essential Bioinformatics, Cambridge University Press, 2006
Barry Hall; Phylogeneic Trees Made Easy: A How-To Manual, Sinauer

Bibliografia Complementar

Jean-Michel Claverie and Cedric Notredame; Bioinformatics For Dummies, Wiley, 2006
Mark Sanders; Genetic Analysis: An Integrated Approach, Pearson. ISBN: 9781292092362

Métodos de ensino e atividades de aprendizagem

Esta UC é composta por uma componente teórica e uma componente teórica-prática. A metodologia de ensino na componente teórica baseia-se na exposição oral com projeção de slides em power point, podendo ser complementada por análise de textos científicos; na componente teórica-prática baseia-se na resolução de problemas e realização de tarefas definidas. A plataforma Moodle será usada como repositório de informações, de atividades, ponto de entrega de trabalhos escritos e fórum de discussão.

Tipo de avaliação

Distributed evaluation with final exam

Componentes de Avaliação

Designation	Peso (%)
Apresentação/discussão de um trabalho científico	30,00
Teste	70,00
Total:	100,00

Componentes de Ocupação

Designation	Tempo (Horas)
Estudo autónomo	75,00
Frequência das aulas	60,00
Total:	135,00

Obtenção de frequência

- The tests have mininum score of 8 points in continuous evaluation
- For passing by continuous evaluation, the score of testes and assigment must be above 9,5
- The minimal score in exam to pass os 9,5 points
- The assigment is a group work that is presented orally. Different elemnts of the same group may receive different evaluation basead on the presentation and work.
- To acess continous evaluation the work assigment is necessary

Fórmula de cálculo da classificação final

— Avaliação contínua: +35% test 1+35% test 2+30% work assignment

— exams 1ª/2ªépoca/época especial: 100% exam