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Structural and Evolutionary Genomics

Code:

BINF017

Sigla:

GEE

Áreas Científicas
Classificação	Área Científica
OFICIAL	Biotecnologia

Ocorrência: 2023/2024 - 1S

Ativa?	Yes
Unidade Responsável:	Departamento de Engenharia Química e Biológica
Curso/CE Responsável:	Undergraduate in Bioinformatics

Ciclos de Estudo/Cursos

Sigla	Nº de Estudantes	Plano de Estudos	Anos Curriculares	Créditos UCN	Créditos ECTS	Horas de Contacto	Horas Totais
BINF	23	Study Plan	2	-	5	67,5	135

Língua de trabalho

Portuguese

Objetivos

This curricular unit is designed primarily to provide students with an integrated view of the structure and function of genomes, taking into account their methods of sequencing, annotation and analysis. In addition, at the end of the semester it is expected that students know the latest methods of genetic analysis at the RNA level and protein expression, in addition to understand the functioning of cells in an integrated and comprehensive manner.

Resultados de aprendizagem e competências

Não aplicável

Modo de trabalho

B-learning

Programa

• The organizational structure of a genome; Genome sequencing methods, genome analysis, and annotation;


• Primary structure of genomes, mechanisms of evolution of genomes and molecular phylogeny;


• Comparative Genomics. Definition of ortholog and paralog genes;


• Analysis of the genome-wide gene expression, proteomics and transcriptomics studies; Experimental methods to study the regulation of gene expression;


• Functional Genomics. Metabolomics, RNomics, metagenomics and other omics;


• Applications of bioinformatics in genomics. Algorithms for sequence alignment, phylogenetic inference and analysis of Next-Generation Sequencing data;


• Introduction to Systems Biology.

Bibliografia Obrigatória

Hartl, D. and Bruce Cochrane; Analysis of Genes and Genomes, 2017
Griffiths AJF, Wessler SR et al.; An Introduction to Genetic Analysis, W. H. Freeman, 2015. ISBN: 978-1-4641-0948 (www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK21766/)
Ji Xiong; Essential Bioinformatics, Cambridge University Press, 2006
Barry Hall; Phylogene2c Trees Made Easy: A How-To Manual, Sinauer

Bibliografia Complementar

Jean-Michel Claverie and Cedric Notredame; Bioinformatics For Dummies, Wiley, 2006
Mark Sanders; Gene2c Analysis: An Integrated Approach, Pearson, 2016. ISBN: : 9781292092362

Métodos de ensino e atividades de aprendizagem

This Curricular Unit is composed of a theoretical component and a theoretical-practical component. The teaching methodology in the theoretical component is based on oral presentation with projection of slides in power point, and may be complemented by analysis of scientific texts; in the theoretical-practical component is based on problem solving and completion of defined tasks. The Moodle platform will be used as a repository of information and activities, a delivery point for written assignments and a discussion forum.

Tipo de avaliação

Distributed evaluation with final exam

Componentes de Avaliação

Designation	Peso (%)
Apresentação/discussão de um trabalho científico	30,00
Teste	70,00
Total:	100,00

Componentes de Ocupação

Designation	Tempo (Horas)
Estudo autónomo	75,00
Frequência das aulas	60,00
Total:	135,00

Obtenção de frequência

Teste 1, peso 35 %, sem nota mínima, avaliação no período letivo

Teste 2, peso 35 %, sem nota mínima, avaliação no período letivo

Trabalho 1, peso 30 %, sem nota mínima, avaliação no período letivo

• Para a realização da UC por avaliação contínua é obrigatória a realização de ambos os testes (teste 1 e teste 2) e a realização do Trabalho de grupo.
• O Trabalho de grupo deverá ser composto por min. 2 e max. 4 alunxs; poderá ser atribuída classificação distinta aos alunxs do mesmo grupo com base no domínio do tema e empenho demonstrado na apresentação.
• Não há nota mínima em cada uma das componentes da avaliação contínua
• Para aprovação por avaliação contínua a média ponderada dos dois testes e dos dois trabalhos deverá superior a 9,5 valores
• Em exame, a nota mínima tem de ser igual ou superior a 9,5 valores.

Fórmula de cálculo da classificação final

— Avaliação contínua: +35% Teste 1+35% Teste 2+30% Trabalho 

— 1ª/2ªépoca/época especial: 100% exame