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Genómica Funcional e Bioinformática

Código:

MEBQB12

Sigla:

GFB

Áreas Científicas
Classificação	Área Científica
OFICIAL	Biotecnologia

Ocorrência: 2019/2020 - 1S

Ativa?	Sim
Página Web:	https://moodle.ips.pt/1920/course/view.php?id=2291
Unidade Responsável:	Biotecnologia
Curso/CE Responsável:	Mestrado em Engenharia Biológica e Química

Ciclos de Estudo/Cursos

Sigla	Nº de Estudantes	Plano de Estudos	Anos Curriculares	Créditos UCN	Créditos ECTS	Horas de Contacto	Horas Totais
MEBQ	12	Plano Estudos 2015	2	-	5	45	135

Língua de trabalho

Português

Objetivos

Esta UC tem como principal objetivo fornecer aos estudantes uma visão integrada da estrutura organizacional e do funcionamento dos genes e genomas, tendo em conta os avanços tecnológicos nos métodos de sequenciação, anotação e análise do funcionamento dos mesmos.

Resultados de aprendizagem e competências

Os estudantes devem a adquirir conhecimentos acerca das ferramentas e metodologias bioinformáticas para buscas e análises de sequências e suas potencialidades para prever a função, bem como análise de dados de expressão genética  ao nível do ARN e proteínas.

Modo de trabalho

Presencial

Pré-requisitos (conhecimentos prévios) e co-requisitos (conhecimentos simultâneos)

Não

Programa

1-Estrutura organizacional de genomas; Sequenciação de genomas; Anotação e análise de genomas; Metagenómica. 2-Mecanismos de evolução dos genomas e filogenia molecular; Genómica comparativa; Definição de Genes ortólogos e parálogos. 3-Análise da expressão genética à escala do genoma: transcritómica e proteómica de expressão. 4-Genómica funcional. Metabolómica, RNómica, metagenómica e outras ómicas. 5-Introdução à Bioinformática. Alinhamento de sequências: simples e múltiplos; Pesquisa de motivos: representação de motivos e sistemas de pesquisa disponíveis na web; Análise de dados de microarrays. 6-Aplicações em Biotecnologia.
Prática laboratorial: Utilização de ferramentas bioinformáticas para realizar alinhamentos de sequências e pesquisas em bases de dados (BLAST e Clustal), análises filogenéticas e cladogramas, pesquisa de motivos e previsão funcional de genes, efetuar a previsão de estrutura de proteínas, interpretação do significado biológico de dados à escala do genoma.

Bibliografia Obrigatória

C.W. Sensen; Handbook of Genome Research, vol. I e vol.II, 2005. ISBN: ISBN 3-527-31348-6
T. A. Brown; Gene Cloning and DNA Analysis, An Introduction, 6.ª edição, Wiley-Blackwell, 2010
A.D.Baxevanis, B.F.F.Ouellette,; Bioinformatics: A Practical Guide to the Analysis of Genes and Proteins, 3.ª edição,WileyInterscience, 2005. ISBN: ISBN 978-0-471-38391-8
M. Borodovsky, S.Ekisheva; Problems and Solutions in Biological Sequence Analysis, Cambridge University Press, 2007. ISBN: ISBN 978-0-521-61230-2
Mount, D.; Bioinformatics: Sequence and Genome Analysis, 2.ª edição, Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2004. ISBN: 978-0-879-69712-9
Durbin, R., Eddy, S. R., Krogh, A., Mitchison G.; Biological Sequence Analysis: Probabilistic Models of Proteins and Nucleic Acids, Cambridge University Press, 2004. ISBN: 978-0-521-62971-3

Métodos de ensino e atividades de aprendizagem

A UC é lecionada recorrendo a métodos expositivos e demonstrativos com suporte informático de PowerPoint. A UC é composta por uma componente teórico-prática, em que os estudantes discutirão temas da atualidade no campo da genómica estrutural, evolutiva e funcional e das novas tecnologias ómicas. A componente prática laboratorial tem por objetivo familiarizar os estudantes com as ferramentas e bases de dados disponíveis, e aplicar os conteúdos teóricos na análise bioinformática aplicada a diversos casos estudo.

Tipo de avaliação

Avaliação distribuída com exame final

Componentes de Avaliação

Designação	Peso (%)
Participação presencial	10,00
Trabalho escrito	90,00
Total:	100,00

Componentes de Ocupação

Designação	Tempo (Horas)
Estudo autónomo	90,00
Frequência das aulas	45,00
Total:	135,00

Obtenção de frequência

Sem assiduidade obrigatória.

Fórmula de cálculo da classificação final

Avaliação Contínua: (40% Trab1) +(40% Trab2) + (10% Trab 3) +(10% Aval contexto aula)

Avaliação 1ª/2ª Época: 100% Exame