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Licenciatura em Bioinformática

Dados Gerais

Código Oficial: 9687
Sigla: BINF
Descrição: A Bioinformática surge no interface entre as disciplinas de Ciências Biológicas, Informática e Matemática e é uma área emergente que foi fortemente impulsionada pela sequenciação de genomas. A combinação de competências e conhecimentos obtidos fornecem uma base sólida para uma ampla gama de oportunidades de emprego ou estudo mais aprofundado para níveis mestrado ou doutoramento.
Este curso permite o acesso à Ordem dos Engenheiros Técnicos.

Diplomas

  • Diploma de Licenciatura em Bioinformática (180 Créditos ECTS)

Unidades Curriculares

Álgebra Linear

BINF001 - ECTS

Adquirir técnicas de cálculo de ampla utilização noutras unidades curriculares, entre as quais se salientam a linguagem matricial, a representação de sistemas de equações lineares e sua resolução, cálculo de determinantes e suas aplicações bem como os conceitos de espaços lineares e transformações lineares.

Análise Matemática I

BINF002 - ECTS

O objectivo é continuar a desenvolver o raciocínio matemático iniciado no secundário, para que fiquem aptos a responder às solicitações e exigências de outras unidades curriculares do seu curso. No final, os estudantes deverão ter adquirido as competências no domínio do cálculo diferencial e integral de funções de uma variável real, incluindo os teoremas fundamentais do cálculo.

Biologia Geral

BINF003 - ECTS

No final da unidade curricular pretende-se que os estudantes atinjam os objetivos seguintes: a) Compreender os princípios da classificação e a diversidade de organismos vivos. b)Detalhar aspetos estruturais e funcionais de biologia celular. c)Distinguir os princípios básicos do metabolismo das células vegetais e animais. d)Compreender os fundamentos do
controlo da divisão celular e)Entender os fundamentos da hereditariedade f) Dominar técnicas de microscopia ótica e da citoquímica.

Fundamentos de Sistemas de Informação

BINF004 - ECTS

Objetivos de aprendizagem (conhecimentos, aptidões e competências a desenvolver pelos estudantes):

  •  Aquisição de conhecimentos teóricos e práticos fundamentais à compreensão dos SI e do seu papel nas organizações, de modo particular na área da saúde;
  • Aquisição de conhecimentos nucleares em domínios associados aos SI (Gestão da Informação, Arquitetura, Gestão de Projetos, Auditoria, Ética);
  • Capacidade de identificação de soluções para problemas concretos no quadro dos SI a partir da leitura organizacional;
  • Identificar de alguns dos principais métodos, ferramentas e soluções no âmbito dos SI;
  • Identificação da importância das atividades de conceção, gestão e controlo dos SI em contexto organizacional;
  • Capacidade de reflexão crítica sobre questões relativas aos fundamentos dos SI;
  • Enquadramento da função e papel do Gestor de Sistemas de Informação.

Perspetivas em Bioinformática

BINF005 - ECTS

Esta UC tem como principais objetivos oferecer ao estudante uma visão global da boinformática, como uma ciência interdisciplinar que permite o armazenamento e a análise de grandes volumes de informação biológica, envolvendo bioquímicos, biólogos, matemáticos e especialistas nas técnicas de informação mais recentes aplicadas às ciências Biológicas e Químicas. Para além disso, pretende-se com esta UC, apresentar ao estudante vários campos de ação e aplicação da bioinformática.

Química Geral

BINF006 - ECTS Pretende-se que o estudante se familiarize com os fundamentos gerais da Química, com vista à compreensão da estrutura da matéria e das suas transformações, bem como os conceitos fundamentais da análise química quantitativa, nomeadamente, saber distinguir entre os vários equilíbrios químicos. Compreender os equilíbrios ácido-base de modo a poder utilizar soluções tampão e realizar titulações e volumetrias de ácido-base. Entender os complexos e respetivos equilíbrios de modo a poder realizar titulações. Reconhecer os equilíbrios de solubilidade e o efeito do ião comum. Perceber as reações redox e respetivas titulações. Apesar do carácter essencialmente introdutório desta UC, pretende-se que os estudantes adquiram competências que lhes permitam uma melhor adaptação e compreensão dos processos químicos envolvidos em UCs subsequentes, fundamentais para o acesso ao mercado de trabalho.

Análise Matemática II

BINF007 - ECTS

O objetivo é continuar a desenvolver o raciocínio matemático iniciado em Análise Matemática I aplicando-o, neste caso, a funções de mais de uma variável, para que fiquem aptos a responder às solicitações e exigências de outras unidades curriculares do seu curso. 

Bases de Dados

BINF008 - ECTS

Biologia Molecular e Celular

BINF009 - ECTS

Esta unidade curricular tem por objectivo o aprofundar dos conhecimentos sobre a unidade básica functional dos seres vivos – a célula, em termos da sua composição, dinâmica e funcionamento. 

Introdução à Estatística

BINF010 - ECTS

O aluno dever ser capaz de aplicar as medidas descritivas apropriadas aos dados em estudo; proceder a uma amostragem correcta e identificar as restrições e os limites da representaBvidade de uma amostra; identificar distribuições de probabilidades e saber calcular probabilidades mediante a distribuição em causa; diferenciar e saber utilizar a estimação pontual e a estimação por intervalos de confiança; saber formular hipóteses de investigação e proceder à sua análise a partir de testes de hipóteses.

Linguagens de Programação I

BINF011 - ECTS Esta UC tem como principais objetivos oferecer ao estudante uma visão global do paradigma da programação.


No fim da unidade curricular o estudante deverá ser capaz de:

  1.  Noção de algoritmia como a formalização da solução para um problema bem determinado numa sequência de ações elementares. 
  2. Analisar um algoritmo fornecido e prever o resultado final da sua execução;
  3. Desenhar algoritmos em linguagem natural e pseudo-código.
  4. Compreender e conhecer: a programação de computadores como um modo de descrever algoritmos numa linguagem formal passível de ser executada num computador de uso geral;
  5. princípios elementares da programação: variáveis; instruções de decisão; instruções de ciclo; listas e arrays; o ciclo tradicional de desenvolvimento de programas de computador:
  6. desenho, programação e teste.
  7. Aplicar os conhecimentos desses princípios básicos a linguagem de programação phyton.
  8. Ser capaz de traduzir um algoritmo dado num programa completo.
  9. Ser capaz de resolver um problema dado efetuando o seu desenho, programação e teste.

Química Orgânica

BINF012 - ECTS

Pretende-se que o estudante se familiarize com fórmulas, estruturas, nomenclatura e conceitos básicos no domínio da Química Orgânica. Reconheça a importância, numa dada molécula, do papel e distribuição dos eletrões que podem intervir nas reações orgânicas. Classifiquem as reações dos compostos orgânicos.

Compreendam as reações químicas e justifiquem através do mecanismo os fatos ocorridos. Apliquem o conhecimento da reatividade dos diferentes grupos funcionais com vista à obtenção de novos compostos, isto é projetem os conhecimentos adquiridos na síntese orgânica.

Adquiram o conceito de geometria das moléculas no espaço associado ao estudo da estereoquímica.

Pretende-se que os estudantes adquiram competências que lhes permitam o acesso ao mercado de trabalho como engenheiros químicos profissionais, na indústria química ou biotecnológica em geral, e em particular na indústria farmacêutica, agroquímica, alimentar e bioquímica, ou áreas afins, e em serviços públicos.

Análise e Tratamento de Dados Multivariados

BINF013 - ECTS

Pretende-se nesta unidade curricular transmitir conceitos de probabilidades e estatística de modo a que os estudantes saibam aplicar e compreender técnicas estatísticas avançadas para a descrição estatística multivariada, cujo objectivo consiste em resumir e descrever os aspectos mais relevantes num conjunto de dados.

Irão ser abordadas noções fundamentais da teoria da amostragem e de modelos probabilísticos discretos e contínuos. Aprofunda-se a abordagem à inferência estatística com referência aos testes de hipóteses.
A abordagem teórica será sempre que possível acompanhada de exemplos ligados à biologia. Pretende-se também que os conhecimentos adquiridos nesta UC constituam uma base sólida para outras UC do plano de estudos deste curso.

Bioquímica

BINF014 - ECTS

O objetivo desta UC é o conhecimento e compreensão da estrutura e das propriedades das principais classes de biomoléculas (glícidos, lípidos, proteínas e ácidos nucleicos), das interações destas com o solvente água, e do modo como elas reagem controladamente no contexto da célula viva.

 

Data Warehousing

BINF015 - ECTS

Espectroescopia Molecular

BINF016 - ECTS Esta UC irá expandir alguns dos temas introduzidos na UC "Química Geral". A ligação química e as forças intermoleculares serão exploradas como uma extensão das propriedades dos átomos. Uma introdução à termodinâmica está também incluída. As espectroscopias de absorção serão apresentadas em estreita relação com as características estruturais por elas elucidadas; a espectrometria de massa e a ressonância magnética nuclear serão mostradas como ferramentas analíticas estruturais.

Genómica Estrutural e Evolutiva

BINF017 - ECTS Esta UC tem como principais objetivos fornecer aos estudantes uma visão integrada da estrutura e funcionamento dos genomas, tendo em conta os métodos de sequenciação, anotação e análise do funcionamento dos mesmos. Para além disso, no final do semestre espera-se que os estudantes conheçam os métodos mais recentes de análise da expressão genética ao nível do RNA e proteínas, para além de compreenderem o funcionamento celular de forma integrada e global.

Linguagens de Programação II

BINF018 - ECTS

Compreensão da noção de algoritmia como a formalização da solução para um problema bem determinado numa sequência de ações elementares.
Ser capaz de: analisar um algoritmo fornecido e prever o resultado final da sua execução; desenhar algoritmos em linguagem natural e pseudo-código. Compreender e conhecer: a programação de computadores como um modo de descrever algoritmos numa linguagem formal passível de ser executada num computador de uso geral; princípios elementares da programação: variáveis; instruções de decisão; instruções de ciclo; listas e arrays; o ciclo tradicional de desenvolvimento de programas de computador: desenho, programação e teste. Aplicar os conhecimentos desses princípios básicos a uma linguagem de programação apropriada. Ser capaz de traduzir um algoritmo dado num programa completo. Ser capaz de resolver um problema dado efetuando o seu desenho, programação e teste.

Análise de Sequências Biológicas

BINF019 - ECTS O objetivo desta UC é introduzir os princípios fundamentais da análise de sequências biológicas, partindo do conceito de sequência (DNA, RNA e proteínas), associada à estrutura das biomoléculas, para promovera compreensão das aplicações dos vários algoritmos e para proporcionar a capacidade de escolher os algoritmos mais adequados e interpretar os resultados obtidos. Serão estudados os algoritmos mais frequentes, devendo os alunos ser capazes de os perceber e os transcrever para código, e serão analisadas as várias ferramentas disponíveis de análise e tratamento de sequências de modo a que os alunos as dominem adequadamente.

Aprendizagem Automática

BINF020 - ECTS

Computação de Alto Desempenho

BINF021 - ECTS Adquirir competências básicas no domínio dos Sistemas Operativos e multiprogramação.
Entender o conceito de programação paralela e de alto desempenho.
Saber quando aplicar este conhecimento a problemas da Bioinformática.
Entender o conceito de programação paralela e de alto desempenho e saber quando aplicar este conhecimento a problemas da Bioinformática.

Data Mining

BINF022 - ECTS
  • Conhecer os conceitos associados ao Business Intelligence, nomeadamente DataWarehouse, ETL e Reporting Tools e, a infraestrutura tecnológica de suporte;
  • Entender a importância do Business Analytics como prática de exploração iterativas de dados, permitindo a tomada de decisão.
  • Compreender a importância do Data Mining nas organizações
  • Descobrir conhecimento em Bases de Dados através da aplicação de técnicas de Data Mining;
  • Compreender os principais conceitos, metodologias e técnicas de Data Mining.

Ética e Segurança da Informação

BINF023 - ECTS

Metabolismo e Regulação

BINF024 - ECTS
No final desta UC os estudantes serão capazes de reconhecer e compreender que os vários processos celulares estão bem organizados e utilizam estruturas recorrentes, e que o metabolismo desenvolveu vários processos de manutenção da homeostasia. Partindo da UC de Bioquímica, as vias metabólicas serão estudadas, incluindo uma introdução à sua descrição matemática. A ação e metabolismo de fármacos será também abordado.
A identificação das estruturas organizativas recorrentes permite aos estudantes desenvolver uma análise do metabolismo que pode ser facilmente transferida entre sistemas; estas capacidades serão reforçadas pela análise matemática do metabolismo, que se baseia nas UCs de Matemática anteriores. Esta é uma UC integrativa que pretende levar os estudantes a compreender que todos os processos celulares estão ligados e são inter-dependentes; baseia-se em várias UCs e está na base de futuras abordagens matemáticas nas UCs do 5º semestre.

Big Data

BINF025 - ECTS

Os estudantes que terminam com sucesso esta unidade curricular deverão ser capazes de:

- Conhecer um conjunto de tópicos não convencionais que permitam uma gestão escalável dos dados, bem como a utilização de algoritmos paralelos e de modelação estatística, com e sem recurso à cloud;

- Ser proficientes num ecossistema de ferramentas e plataformas, que lhes permitam, em face de um problema concreto, determinar a solução a aplicar e os instrumentos a utilizar no armazenamento, exploração e análise de um grande volume de dados.

Bioquímica Computacional

BINF026 - ECTS

A UC visa desenvolver as capacidades de modelação em química e bioquímica, incluindo a modelação de proteínas e da sua interacção com outras moléculas. Os estudantes irão estudar a validade e aplicabilidade dos métodos semi-empíricos e ab initio, e das abordagens DFT, bem como as noções básicas de mecânica e dinâmicas moleculares, de docking de proteínas a ligandos e interacções proteínaproteína.

 

Empreendedorismo

BINF027 - ECTS
  • Assumir responsabilidades pelo desenvolvimento individual e coletivo enquanto empreendedor por conta própria ou por conta de outrem.
  • Desenvolver autonomia no que concerne à tomada de decisões e resolução de problemas num contexto de criação da própria empresa ou de empresas já existentes de forma proactiva, inovadora gerando valor sustentável.

Laboratório de Bioinformática

BINF028 - ECTS

Esta UC está organizada de modo a que os alunos utilizem os conhecimentos e as capacidades adquiridos em UCs anteriores e desenvolvam seus próprios projetos, em ambiente computacional, com um alto grau de autonomia e apenas com a supervisão necessária. As capacidades de simulação estrutural da UC "Bioquímica Computacional" e de modelação matemática das UCs "Metabolismo e Regulação" e "Modelação de Processos Biológicos" constituem o ponto de partida para esta UC; várias outras UCs das áreas de biotecnologia e informática são também particularmente relevantes.

Modelação de Processos Biológicos

BINF029 - ECTS O objectivo desta UC é dar aos estudantes as capacidades matemáticas necessárias para modelar e simular sistemas biológicos/bioquímicos de um ponto de vista cinético e metabólico. Esta formulação matemática advém da teoria dos sistemas bioquímicos, em que os sistemas podem ser modelados por equações diferenciais que englobam não só a cinética e os fluxos do sistema mas também os aspectos de regulação e compartimentalização. Esta UC inclui também modelos de aplicação farmacocinética, que foram inicialmente introduzidos na UC “Metabolismo e Regulação” e serão explorados também na UC “Laboratório de Bioinformática”.

Estágio Curricular ou Projeto

BINF030 - ECTS O principal objetivo desta UC é conseguir que o estudante resolva um novo problema, correspondendo a uma nova situação em contexto de trabalho, num estágio ou sob a forma de um projeto, com base nas capacidades e conhecimentos adquiridos durante a licenciatura em Bioinformática.
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