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Genómica Funcional e Bioinformática

Código:

MEBQB12

Sigla:

GFB

Áreas Científicas
Classificação	Área Científica
OFICIAL	Biotecnologia

Ocorrência: 2020/2021 - 1S

Ativa?	Sim
Unidade Responsável:	Biotecnologia
Curso/CE Responsável:	Mestrado em Engenharia Biológica e Química

Ciclos de Estudo/Cursos

Sigla	Nº de Estudantes	Plano de Estudos	Anos Curriculares	Créditos UCN	Créditos ECTS	Horas de Contacto	Horas Totais
MEBQ	14	Plano Estudos 2015	2	-	5	45	135

Língua de trabalho

Português

Objetivos

Esta UC tem como principais objetivos fornecer aos estudantes uma visão integrada da estrutura organizacional e do funcionamento dos genes e genomas, tendo em conta os avanços tecnológicos nos métodos de sequenciação, anotação e análise do funcionamento dos mesmos. Os estudantes devem ainda adquirir conhecimentos acerca das ferramentas e metodologias bioinformáticas para buscas e análises de sequências e suas potencialidades para prever a função, bem como análise de dados de expressão genética ao nível do ARN e proteínas.

Resultados de aprendizagem e competências

Não Aplicável

Modo de trabalho

Presencial

Pré-requisitos (conhecimentos prévios) e co-requisitos (conhecimentos simultâneos)

Não Aplicável

Programa

1-Estrutura organizacional de genomas; Sequenciação de genomas; Anotação e análise de genomas; Metagenómica.
2-Mecanismos de evolução dos genomas e filogenia molecular; Genómica comparativa; Definição de Genes ortólogos e parálogos.
3-Análise da expressão genética à escala do genoma: transcritómica e proteómica de expressão.
4-Genómica funcional. Metabolómica, RNómica, metagenómica e outras ómicas.
5-Introdução à Bioinformática. Alinhamento de sequências: simples e múltiplos; Pesquisa de motivos: representação de motivos e sistemas de pesquisa disponíveis na web; Análise de dados de microarrays.
6-Aplicações em Biotecnologia.

Prática laboratorial:
Utilização de ferramentas bioinformáticas para realizar alinhamentos de sequências e pesquisas em bases de dados (BLAST e Clustal), análises filogenéticas e cladogramas, pesquisa de motivos e previsão funcional de genes, efetuar a previsão de estrutura de proteínas, interpretação do significado biológico de dados à escala do genoma.

Bibliografia Obrigatória

C.W. Sensen; Handbook of Genome Research, vol Handbook of Genome Research, vol. I e vol. II , 2005. ISBN:  ISBN 3-527-31348-6
T. A. Brown. Gee; Cloning and DNA Analysis, An Introduction, Blackwell Publishing, 2006
Terry Brown; Genomes, Bios Scientific Publishers Oxford, 2006. ISBN: ISBN 9780815341383
Robert F. Weaver; Molecular Biology, McGraw Hill, 2005. ISBN: ISBN: 007-124344-5
A.D. Baxevanis, B.F.F. Ouellette; Bioinformatics: A Practical Guide to the Analysis of Genes and Proteins, Wiley Interscience, 2005. ISBN: ISBN 978-0-471-38391-8
M. Borodovsky, S. Ekisheva; Problems and Solutions in Biological Sequence Analysis, Cambridge University Press, 2007. ISBN: ISBN 978-0-521-61230-2
Mount, D; Bioinformatics: Sequence and Genome Analysis, 2.ª edição, Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2004. ISBN: ISBN 978-0-879-69712-9
Durbin, R., Eddy, S.R., Krogh, A., Mitchison, G; Biological Sequence Analysis: Probabilistic Models of Proteins and Nucleic Acids, Cambridge University Press, 2004. ISBN: ISBN 978-0-521-62971-3

Métodos de ensino e atividades de aprendizagem

A UC é lecionada recorrendo a métodos expositivos e demonstrativos com suporte informático de PowerPoint. A UC é composta por uma componente teórico-prática, em que os estudantes discutirão temas da atualidade no campo da genómica estrutural, evolutiva e funcional e das novas tecnologias ómicas. A componente prática laboratorial tem por objetivo familiarizar os estudantes com as ferramentas e bases de dados disponíveis, e aplicar os conteúdos teóricos na análise bioinformática aplicada a diversos casos estudo.

Avaliação Contínua: 40%x 1º Teste +40%x 2º teste + 20% Trabalho escrito

Avaliação 1ª/2ª época e época especial: 100%xExame (nota minima no exame de 9,5 valores).

Tipo de avaliação

Avaliação distribuída com exame final

Componentes de Avaliação

Designação	Peso (%)
Teste	80,00
Trabalho escrito	20,00
Total:	100,00

Componentes de Ocupação

Designação	Tempo (Horas)
Estudo autónomo	75,00
Frequência das aulas	45,00
Trabalho de investigação	5,00
Trabalho escrito	10,00
Total:	135,00

Obtenção de frequência

Não aplicável

Fórmula de cálculo da classificação final

Avaliação Contínua: 40%x 1º Teste +40%x 2º teste + 20% Trabalho

Avaliação 1ª/2ª época e época especial: 100%xExame (nota minima no exame de 9,5 valores)

Provas e trabalhos especiais

Não aplicável

Observações

No âmbito da avaliação contínua, o estudante poderá fazer um trabalho em grupo - Análise filogenética de 20 sequências biológicas homólogas à escolha, utilizando o software MEGA7 e escrever um relatório com máximo de 10 páginas, segundo o modelo de artigo científico.

A apresentação do relatório pode ser realizada com o auxílio de um ficheiro Powerpoint, com uma duração máxima de 15 minutos, contendo toda a informação presente no relatório. A apresentação será alvo de uma discussão dinâmica, com um breve período de perguntas e respostas.